Différence entre RAPD et RFLP

Différence clé - RAPD vs RFLP
 

Les marqueurs génétiques sont utilisés en biologie moléculaire pour identifier les variations génétiques entre les individus et les espèces. ADN polymorphe amplifié au hasard (RAPD) et Polymorphisme de longueur de fragment de restriction (RFLP) sont deux importants marqueurs moléculaires couramment utilisés en laboratoire. La RAPD est réalisée avec des amorces oligonucléotidiques courtes et arbitraires, et elle est basée sur l'amplification aléatoire des multiples emplacements dans l'ADN matrice de l'organisme. La RFLP est réalisée avec une endonucléase de restriction spécifique et elle est basée sur le polymorphisme des fragments de restriction résultants et l'hybridation. La principale différence entre RAPL et RFLP est que La RAPD est un type de technique de PCR réalisée sans connaissance préalable de la séquence. tandis que RFLP n'est pas impliqué dans la PCR et nécessite une connaissance préalable de la séquence pour mettre en œuvre la technique..

CONTENU
1. Vue d'ensemble et différence clé
2. Qu'est-ce que RAPD?
3. Qu'est-ce que le RFLP?
4. Comparaison côte à côte - RAPD vs RFLP
5. Résumé

Qu'est-ce que RAPD??

La RAPD est un marqueur moléculaire utile en biologie moléculaire. C'est une technique rapide et facile. La RAPD peut être définie comme une méthode qui aboutit à des séquences d'ADN polymorphes à la suite d'une amplification aléatoire de plusieurs emplacements de la matrice d'ADN cible. RAPD utilise de courtes amorces oligonucléotidiques avec des séquences arbitraires pour l'amplification par PCR. Les amorces sont synthétisées artificiellement sans connaissance préalable de la séquence. Par conséquent, il est considéré comme une technique facile et utile.

Les principales étapes suivantes sont impliquées dans la RAPD.

1. Extraction de l'ADN cible
2. Amplification des multiples localisations de l'ADN cible à l'aide d'amorces choisies au hasard
3. Electrophorèse sur gel des produits de PCR amplifiés
4. Coloration au bromure d'éthidium et identification du polymorphisme

En raison de la variation dans le recuit de l'amorce, différents fragments de longueurs différentes sont générés pendant l'amplification. Par conséquent, les modèles de bandes sur les gels sont différents entre les individus et les espèces. Ainsi, la RAPD permet de détecter la variation génétique parmi les organismes lors de l'identification et de la différenciation.

La RAPD est utilisée dans diverses études de biologie moléculaire telles que l'identification de la différence génétique entre espèces étroitement apparentées, la cartographie des gènes, l'analyse de l'ADN, l'identification des maladies héréditaires, etc..

Figure 01: RAPD

Qu'est-ce que le RFLP??

Les polymorphismes de longueur de fragment de restriction (RFLP) sont un marqueur moléculaire utilisé en biologie moléculaire pour l'identification de la variation génétique dans des séquences d'ADN homologues. C'est le premier marqueur génétique développé pour les empreintes génétiques. Tous les organismes produisent des profils d’ADN uniques lorsqu’ils sont restreints par des enzymes de restriction spécifiques. Le RFLP est un outil important pour la création de profils ADN uniques d’individus et la détection de variations génétiques entre eux. Lorsque les échantillons d'ADN sont digérés avec des endonucléases de restriction spécifiques, il en résulte différents profils d'ADN uniques pour chaque individu. Par conséquent, le principe de cette méthode est la détection de la variation génétique entre organismes en limitant l'ADN homologue avec des enzymes de restriction spécifiques et en analysant le polymorphisme de la longueur des fragments par électrophorèse sur gel et transfert. Les motifs de transfert sont uniques à chaque organisme et caractérisent les génotypes spécifiques.

Les étapes suivantes sont impliquées avec RFLP.

1. Isolement d'une quantité suffisante d'ADN à partir d'échantillons
2. Fragmentation des échantillons d'ADN avec des endonucléases de restriction spécifiques en une séquence courte
3. Séparation des fragments obtenus de différentes longueurs par électrophorèse sur gel d'agarose.
4. Transfert du profil de gel dans une membrane par transfert de Southern
5. Hybridation de la membrane avec des sondes marquées et analyse du polymorphisme de la longueur des fragments dans chaque profil

Le RFLP a diverses applications telles que le diagnostic des maladies héréditaires, la cartographie du génome, l'identification criminelle dans les études de médecine légale, les tests de paternité, etc..

Figure 02: Génotypage RFLP

Quelle est la différence entre RAPD et RFLP?

RAPD vs RFLP
RAPD est un marqueur moléculaire basé sur des amorces aléatoires et PCR.	RFLP est un marqueur moléculaire basé sur la production de fragments de restriction de différentes longueurs.
Échantillon requis
De petits échantillons d'ADN suffisent pour l'analyse RAPD.	Une grande quantité d’échantillon d’ADN extrait est nécessaire pour l’analyse RFLP.
Temps
RAPD est un processus rapide.	RFLP est un processus fastidieux.
Utilisation d'amorce
Des amorces aléatoires sont utilisées et les mêmes amorces peuvent être utilisées pour différentes espèces.	Des sondes spécifiques à une espèce sont utilisées dans le RFLP pour l'hybridation.
Fiabilité
La fiabilité de la technique est inférieure à celle du RFLP.	Le RFLP est une technique fiable.
Éponger
RAPD implique Southern blot.	Southern blot est une étape du RFLP.
Détection de la variation allélique
Les variations alléliques ne peuvent pas être détectées par RAPD.	Les variations alléliques peuvent être détectées par RFLP.
Besoin de connaissance de la séquence
RAPD ne nécessite aucune connaissance préalable de la séquence.	Une connaissance préalable de la séquence est nécessaire pour la conception de la sonde.
PCR
PCR est impliqué dans RAPD	PCR n'est pas impliqué dans RFLP.
Reproductibilité
RAPD a une faible reproductibilité	Le RFLP a une reproductibilité élevée par rapport au RAPD.

Résumé - RAPD vs RFLP

RAPD et RFLP sont des marqueurs importants utilisés en biologie moléculaire. Les deux méthodes sont capables de détecter la variation génétique parmi les organismes. La RAPD est effectuée à l'aide d'amorces aléatoires. La RFLP est réalisée en utilisant des enzymes de restriction spécifiques. Les deux méthodes produisent des profils d’ADN uniques à chaque organisme. La RAPD est relativement peu complexe que le RFLP. Mais il produit des résultats moins fiables et reproductibles que RFLP. C'est la principale différence entre RAPD et RFLP.

Références:
1. Dos, J. B., J. Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang et M. K. Slocum. «Comparaison des marqueurs génétiques RAPD et RFLP dans la détermination de la similarité génétique entre les génotypes de Brassica oleracea L.». TAG. Génétique théorique et appliquée. Theoretische und angewandte Genetik. Bibliothèque nationale de médecine des États-Unis, mars 1994. Web. 12 avril 2017
2. Powell, Wayne, Michele Morgante, Chaz Andre, Michael Hanafey, Julie Vogel, Scott Tingey et Antoni Rafalski. «La comparaison des RFLP, RAPD, AFLP

Courtoisie d'image:
1. «Génotypage RFLP» de (inconnu) - Instituts nationaux de la santé (domaine public) via Wikimedia Commons